Expériences
Une description de mes expériences antérieure:
Avril 2022 - Novembre 2023: Chercheur post-doctoral en biologie computationnelle, Université de Montpellier, Montpellier, France
- Objectifs:
- mieux comprendre comment une cellule isolée (cellule fécondée) peut se transformer en un organisme biologique complexe
- créer un système capable de modéliser la morphologie d’un embryon, principalement la forme, en utilisant la description historique du développement des cellules
- trouver un moyen de comparer les embryons au niveau de la cellule ainsi qu’au niveau de l’embryon entier
- Résultats:
- choix d’un diagramme de voronoı̈ pondéré sphérique comme modèle de base pour illustrer la forme de l’embryon, transfert en langue python du logiciel d’optimisation qui extrait les paramètres de voronoı̈ à partir d’images d’embryons
- ajout d’un traitement des cellules en forme de cacahuète et amélioration de l’initialisation des paramètres pour construire plus précisément le diagramme de voronoı̈ pondère sphérique
- présentation de l’évolution des paramètres de voronoı̈ liés au processus de développement et pour différents embryons comme trajectoires multidimensionnelles dans l’espace, traitement de ces trajectoires avec des techniques de réduction de l’espace et comparaison des résultats pour différents embryons
- en utilisant le logiciel transtab, création d’un réseau neuronal pour prédire les paramètres des cellules et la probabilité de division pour l’étape suivante sur la base de l’histoire récente du développement de la cellule et de ses voisins, l’analyse des résultats montre qu’il est nécessaire de continuer l’investigation et l’amélioration du système
- comparaison de la forme des cellules avec une approche iterative closest point ainsi qu’une méthode des surfaces de niveau de champ et leur modification, les résultats ont montré que la fonction de similarité des cellules doit être déterminée dans le contexte du problème considéré
- compétences:
- Biologie computationnelle, Morphologie, Diagrammes de voronoı̈, Traitement d’images, Apprentissage automatique, Base de données orientée graphe
- logiciels:
- Python, PyCharm, NumPy, SciPy, Matplotlib, Transtab, Cypher
Mai 2017 - Septembre 2021: Doctorant, Ingénieur en recherche, INRIA, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
- Objectifs:
- trouver la meilleure approche pour estimer les conditions aux limites du foie pour améliorer la précision de la simulation pour une application de réalité augmentée en chirurgie hépatiques
- explorer les modèles biomécaniques pour simuler un comportement réaliste du foie et l’influence des conditions aux limites en temps réel
- trouver une solution pour calculer une approximation statistique sur les attachements hépatiques sur la base des données disponibles
- Résultats:
- sélection d’une méthode à éléments finis hyperélastiques avec le modèle de Saint Venant-Kirchhoff pour les déformations du foie et le système ressort cubique pour les conditions aux limites
- mise en oeuvre d’une approche basée sur un filtrage de Kalman dit ”unscented” d’ordre réduit comme le meilleur choix pour le compromis performance/précision en temps réel
- participation à la création d’un module logiciel qui permet d’estimer des paramètres differents du modèle à l’aide de filtres de Kalman non linéaires
- développement d’une approche utilisant une cartographie métrique difféomorphe pour obtenir des statistiques sur les positions des ligaments
- réalisation des expériences basées sur des données synthétiques et réelles pour montrer l’amélioration de la précision des simulations avec des conditions aux limites estimées
- compétences:
- Réalité augmentée, Simulation numérique, Méthode des éléments finis, Filtrage Kalman, Cartographie métrique difféomorphe
- logiciels:
- OpenCV, PCL, C++, Python, SOFA, FEBio, Deformetrica, QtCreator
Mai 2014 - Novembre 2016: Ingénieur en développement logiciel et en recherche, Filière scientifique et production Energiya, Usine Energiya, Saint-Pétersbourg, Russie
- Objectifs:
- participer au développement des modules pour trouver des signaux de type bruit dans le spectre des ondes radio, collecter des statistiques sur les caractéristiques des signaux de différents satellites à l’aide d’un logiciel d’analyse de signaux
- participer à la création d’un logiciel permettant de gérer les enregistrements de données obtenues, la détection des signaux et le traitement de la base de données pour les éléments détectés dans les enregistrements
- participer au développement du logiciel pour le regroupement et la classification des signaux obtenus à partir de données d’entrée brutes
- Résultats:
- mise en oeuvre d’un module logiciel qui analyse l’apparence du signal semblable au bruit et recueille l’information de base
- emploi d’un module qui recherche des signaux à spectre étalé par saut de fréquence et extrait les paramètres de base
- étude de différentes méthodes de clusterisation, création d’un prototype pour traiter les données sur la base de mixture models
- compétences:
- Traitement numérique du signal, Analyse de Fourier
- logiciels:
- C++, MATLAB, Qt, IPP, Visual Studio
Août 2010 - Février 2014: Ingénieur en développement logiciel, Bodynova, Saint-Pétersbourg, Russie
- Objectifs:
- participer au développement d’un logiciel serveur-client pour modéliser la forme du corps d’un patient et les résultats des interventions chirurgicales
- analyser les méthodes de modélisation physiques disponibles et les propriétés biomécaniques de la peau, du tissu adipeux, des muscles et des os
- développer une nouvelle approche basée sur la physique pour modéliser le résultat d’un placement d’implant ou d’extenseur dans les tissus mous, estimer la précision des résultats de simulation et le temps de calcul pour la méthode développée
- Résultats:
- emploi du logiciel qui modélise la pose d’implant dans les tissus mous
- développement et implémentation du système masse-ressort multicouche pour décrire la déformation des tissus mous
- réalisation de la modification d’un modèle de voxels pour accélérer le traitement des collisions entre les implants et les tissus mous
- compétences:
- Réalité virtuelle, Simulation numérique, Modélisation du système masse-ressort, Graphisme 3D
- logiciels:
- C++, Wolfram Mathematica, Wild Magic, Visual Studio
Juillet 2008 - Juillet 2010: Stagiaire, Ingénieur en développement logiciel inférieur, Corporation EMC, Saint-Pétersbourg, Russie
- Objectifs:
- participer au développement d’un nouveau système de stockage
- révision du logiciel avec des utilitaires ouverts et basés sur Linux
- configuration du matériel de stockage pour un travail plus robuste
- Résultats:
- contribution au code qui écrit les données directement sur le disque, sans utiliser de mémoire vive
- contribution au logiciel qui est responsable de la sauvegarde du cache de données
- configuration de 4 nouveaux systèmes de stockage
- compétences:
- Pilotes de périphériques de stockage, Développement sous Linux
- logiciels:
- C, Perl